1963年創立。国内は3回の東京公演をはじめ、北海道から沖縄まで全国82都市で公演。全国に先駆けて行った海外公演は、創立以来39回を数え、これまでに世界15ヶ国90都市で演奏。文化の国際交流活動の日本代表として活躍を続けている。

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1967年、日韓国交正常化を機に韓国・栄光子ども合唱団を徳島に招待し、歌声による国際交流を実現。翌68年には、日本の少年少女合唱団として初の海外公演となる、第1回韓国公演を行った。69年、作曲家・湯山昭氏に委嘱した『少年合唱とピアノのためのエスキース 四国の子ども歌』の初演を軸に、東京・イイノホールでの旗揚げ公演を実施。大成功を収め、新聞や音楽専門誌の絶賛を博す。

1979年、国際交流基金助成による日本初の東ヨーロッパ公演、87年ウィーン音楽大学招請のウィーン公演はウィーン市民の熱狂的な歓迎を受け、ウィーン市文化局、オーストリア芸術家連盟、新聞クリアの絶賛を博し大成功を収めた。ウィーン公演の成果が評価され世界各地から出演要請を受ける。

1992年、ヴァチカン法王庁「世界平和祈願ミサ」出演、93年よりドイツ国際交流協会、文化局の招きでドイツ公演が始まり、26年間でベルリン、ボン、ライプチヒなど42都市で13回のドイツ公演を行い、新聞、テレビは天使の歌声と絶賛。

2012年、ヴァチカン法王庁主催「東日本大震災復興祈願ミサ」特別出演、ローマ法王より感謝状受贈、続いてイタリア公演とドイツ公演。13年は日韓歌声交流45周年記念、第7回韓国公演、14年、ポルトガル公演。15年はウィーン国立歌劇場少年少女合唱団の招きで第3回オーストリア公演、音楽の都ウィーン、音楽の郷バーデン、ベートーヴェンの散歩道グンポルツキルヒェンの銘板に徳島少年少女合唱団の名が永遠に固定され教会の復活祭行事に日本の合唱団として初の特別出演、絶賛を博した。

2017年、第12回ドイツ公演。ボン市、ナーメンイエズ教会公演後、2020年ベートーヴェン生誕250周年音楽祭に招請される。
2019年、第13回ドイツ公演。ベートーヴェン生誕250周年音楽祭前夜祭出演。再び大勢の観客を魅了する歌声を披露。

2021年9月8日、徳島少年少女合唱団創設者 上田収穂代表・指揮者 死去（享年91）。
2022年5月、徳島少年少女合唱団代表に筒井善子指揮者就任。